<?xml version="1.0"?>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"><rdf:Description rdf:about="https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?id=125033"><dc:title>Izdelava algoritma za zanesljivo prepoznavo kratkih označevalnih sekvenc DNK ob visoki stopnji napak pri sekvenciranju</dc:title><dc:creator>Močivnik,	Luka	(Avtor)
	</dc:creator><dc:creator>Skrbinšek,	Tomaž	(Mentor)
	</dc:creator><dc:subject>sekvenciranje tretje generacije</dc:subject><dc:subject>sekvenciranje z visokimi stopnjami napak</dc:subject><dc:subject>mikrosateliti</dc:subject><dc:subject>kratke sekvence DNA</dc:subject><dc:description>Tehnologije sekvenciranja tretje generacije, zlasti tehnologija nanopor, omogočajo hitro sekvenciranje dolgih sekvenc DNA. Njihova slaba lastnost so visoka stopnja napak. V magistrski nalogi predstavljamo bioinformatski cevovod za obdelavo sekvenc mikrosatelitov, pridobljenih s sekvenciranjem tretje generacije. Za preizkus cevovoda smo uporabili sekvence mikrosatelitov, pridobljene iz neinvazvnih genetskih vzorcev rjavega medveda (Ursus arctos) in sekvencirane s sekvenatorjem Illumina. V njih smo simulirali substitucije, insercije in delecije v različnih kombinacijah ter ob različni stopnji skupnih napak. Poleg že uporabljenih DNA- oznak vzorcev dolžine 8 bp smo preizkusili še oznake dolžin 12 in 16 bp. Bioinformatski cevovod se je izkazal za učinkovitega samo s substitucijami, pri simuliranih vseh treh vrstah napak pa ne. Kljub temu smo ugotovili, da so trenutno uporabljene oznake dolžine 8 bp pri visokih stopnjah napak, posebej pri simuliranih vseh treh vrstah, neuporabne in je za uspešno identifikacijo vzorcev potrebna uporaba daljših, preferenčno 16 bp dolgih oznak. Ugotovili smo tudi, da se težave lahko pojavijo pri iskanju oligonukleotidnih začetnikov in posledično identifikaciji lokusov, ki jih označujejo. Našli smo šibke točke v cevovodu in predlagamo možne rešitve. Predstavljeni bioinformatski cevovod je tako primeren kot podlaga na nadaljnje delo.</dc:description><dc:date>2021</dc:date><dc:date>2021-03-02 09:53:10</dc:date><dc:type>Magistrsko delo/naloga</dc:type><dc:identifier>125033</dc:identifier><dc:language>sl</dc:language></rdf:Description></rdf:RDF>