Vpliv metaboličnega stresa na proteom lipidnih kapljic v rakavih celicahLipovšek, Barbara (Avtor) Petan, Toni (Mentor) Pavšič, Miha (Komentor) Lipidne kapljicestresstradanjeproteomrakmaščobne kislineLipidne kapljice (LK) so pred kratkim priznani citosolni organeli s primarno nalogo shranjevanja maščob. Sestavljene so iz sredice nevtralnih lipidov obdane z enim slojem fosfolipidov in proteinov. Njihovo število, sestava in velikost se nenehno spreminjajo glede na celične potrebe in okolje. Pomembno vlogo imajo pri agresivnih rakavih celicah, saj omogočajo njihovo preživetje v tumorskem okolju, ki je pogosto hipoksično in revno s hranili. Na površini fosfolipidnega monosloja LK je pripetih mnogo proteinov in encimov z različnimi biološkimi funkcijami. V predhodnem delu naše raziskovalne skupine smo ugotovili, da imajo LK pomembno vlogo pri celičnem odzivu na stres, ki ga povzroči pomanjkanje hranil. Predvidevamo, da se dinamične spremembe LK v odzivu na celični stres odražajo v spremenjeni sestavi njihovega proteoma. V tem delu smo želeli ugotoviti, kako se proteom LK spremeni, ko visokoinvazivne celice raka dojke MDA-MB-231 izpostavimo akutnemu pomanjkanju hranil. Intaktne LK smo izolirali iz stradajočih in kontrolnih celic, izvedli izolacijo proteinov, jih razgradili do peptidov in jih analizirali ter kvantificirali z masno spektrometrijo z uporabo pristopa LFQ (ang. "label-free quantification"). Od skupno 381 zaznanih proteinov smo jih 155 (41 %) uvrstili med kontaminante iz drugih celičnih razdelkov, 49 proteinov pa smo glede na dosedanje raziskave lahko povezali z delovanjem LK. Med slednjimi smo zaznali 15 »bona fide« proteinov LK, ki so jim v drugih raziskavah pripisali vezavo na LK. Identificirali smo kar 177 (47 %) proteinov, ki jih dosedanje študije niso povezale z delovanjem LK in predstavljajo nove, potencialno zanimive tarče za nadaljnje raziskave. Akutno stradanje celic raka dojke je močno vplivalo na sestavo proteoma LK. Izpostavili bi 20 proteinov z bistveno spremenjenim izražanjem: G0S2, CDC42, SNX12, CBX3, UBA52, HEBP1, RAC2, AUP1, TBCB, GLRX3, CAST, DBNL, NUCKS1, PTGES3, TXN, PRDX5, TCEAL3, ACSL3, LUC7L2 in HSD17B11. Poleg proteinov vpletenih v presnovo maščobnih kislin, holesterola in metabolizem LK (ACSL3, HSD17B11, HSD17B7, G0S2) smo zaznali proteine, ki sodelujejo pri ubikvitinaciji (UBA52, AUP1), vnetnih odzivih (PTGES3), vzdrževanju redoks ravnotežja v celici (TXN, PRDX5), vezikularnem transportu (TRAPPC3, LZTFL1), organizaciji citoskeleta (TBCB, DBNL) in jedrnih procesih (TCEAL3, NUCKS1). Ti rezultati kažejo na povezavo med dinamičnimi spremembami v proteomu LK in celičnem odzivu na stres. Rezultati tega dela so pomembni za nadaljnje raziskave še neznanih vlog številnih z LK povezanih proteinov pri presnovi in delovanju organela ob stradanju in drugih stresnih pogojih.20202020-09-14 15:50:00Magistrsko delo/naloga119987sl