Evolucija TDP-43 in njegovih psevdogenov pri sesalcihGnidovec, Luka (Avtor) Župunski, Vera (Mentor) TDP-43filogenetska analizapsevdogeniTDP-43 je RNA vezavni protein s številnimi pomembnimi funkcijami v vseh stopnjah procesiranja RNA. Pomembno vlogo igra tudi v patofiziologiji nekaterih nevrodegenerativnih bolezni, kot sta ALS in FTLD. Človeški gen, ki zapisuje za TDP-43, se imenuje TARDBP. Sestavljen je iz šestih eksonov in vmesnih intronov, po procesiranju pa lahko dobimo 8 različnih mRNA, od katerih ena zapisuje za TDP-43. TARDBP je evolucijsko precej ohranjen, kar kaže na pomembno funkcijo proteina TDP-43. Poleg gena TARDBP se v človeškem genomu nahaja še pet njegovih procesiranih psevdogenov. V diplomski nalogi smo proučili evolucijske odnose TDP-43 pri sesalcih. Evolucijsko drevo smo zgradili s pomočjo 66 zaporedij sesalskih ortologov mRNA TDP-43, saj so proteinska zaporedja preveč podobna. Ugotovili smo, da evolucija TDP-43 v veliki meri sovpada s privzeto filogenijo vrst, z nekaterimi izjemami. Poleg tega smo raziskali, kdaj v evoluciji je prišlo do nastanka procesiranih psevdogenov 1, 2, 3 in 8. Ugotovili smo, da so vsi ti psevdogeni ohranjeni pri človeku podobnih opicah in opicah starega sveta. Za psevdogen 1 lahko z zanesljivostjo trdimo, da je ohranjen tudi pri opicah novega sveta. To zelo verjetno drži tudi za psevdogen 2, medtem ko so pri psevdogenih 3 in 8 rezultati bolj nejasni.20202020-09-11 10:15:00Diplomsko delo/naloga119799sl