Strukturne lastnosti z gvanini bogatega zaporedja v inducibilnem promotorju mdm2Luzar, Petra (Avtor) Plavec, Janez (Mentor) NMRG-kvadrupleksCD spektroskopijaVečje število gvaninskih ponovitev v promotorju onkogena mdm2, ki je vključen v razvoj tumorskega fenotipa pri liposarkomih, nakazuje, da je možen nastanek različnih štirivijačnih struktur DNA ali G-kvadrupleksov. V okviru diplomskega dela smo določili zmožnost tvorbe štirivijačnih struktur DNA v inducibilnem promotorju mdm2 in določiti pogoje, kjer bo prisotna ena sama struktura, kar bi omogočilo njeno podrobno strukturno karakterizacijo. Poleg celotnega nukleotidnega zaporedja mdm2-15, ki vsebuje pet gvaninskih ponovitev, smo opazovali tudi dve skrajšani zaporedji mdm2-14 in mdm2-24, kjer pri mdm2-14 opazujemo prve štiri gvaninske ponovitve, pri mdm2-25 pa zadnje štiri gvaninske ponovitve. S pomočjo 1D 1H NMR eksperimentov smo določili število G-kvartetov v nastalih G-kvadrupleksih in s CD spektroskopijo opisali topološke značilnosti (prisotnost paralelnih, antiparalelnih in (3+1) zvrsti). Preverili smo, kako prisotnost K+ in Na+ kationov vpliva na nastanek G-kvadrupleksov in ugotovili, da so kalijevi ioni uspešnejši pri stabilizaciji G-kvadrupleksov, ki jih tvorijo z gvanini bogata zaporedja iz onkogena mdm2. Pokazali smo, da je najugodnejši pH za zvijanje oligonukleotidov nevtralen.20202020-09-10 16:15:12Diplomsko delo/naloga119689sl