Bioinformacijska analiza heterodimerizacije človeških α-aktininov-1 in -4Godec, Ajda (Avtor) Pavšič, Miha (Mentor) heterodimerizacijaα-aktinin-1α-aktinin-4bioinformatikafosforilacijaα-Aktinini so proteini, ki sodelujejo pri povezovanju aktinskih filamentov v večdimenzionalne strukture. Na splošno so sestavljeni iz aktin-vezavne domene, osrednje paličaste domene in kalmodulinu podobne domene. Funkcionalno proteinsko enoto predstavlja antiparalelni homodimer. α-aktinin -1 in -4 sta bila dolgo časa obravnavna kot ločena homodimerna proteina, pred kratkim pa so raziskave potrdile obstoj njunih heterodimerov v rakavih celičnih linijah. Namen našega dela je bil z analizo zaporedij in modelov struktur ovrednotiti stabilnost heterodimera, tudi v luči fosforilacije aminokislinskih ostankov. Poravnava aminokislinskega zaporedja α-aktinina-2, katerega struktura je znana, z zaporedjem izooblik 1 in 4 kaže na visok delež identičnosti (za izoobliko 1 78 %, za izoobliko 4 pa 75 %), kar nam je omogočilo pripravo modelov homodimerov in heterodimera izooblik 1 in 4 z relativno visoko stopnjo zanesljivosti. Stična površina modela heterodimera so pokazali, da obsega 5.167,8 Å2, med podenotama pa prevladujejo hidrofobne interakcije, kar potrjujejo tudi rezultati analize s strežnikom InterProSurf. To dejstvo potrjuje še negativna vrednost ΔiG (-28 kcal/mol), ki predstavlja merilo za tvorbo hidrofobnih interakcij. Vrednost je bila izračunana z orodjem PDBePISA. Na osnovi podatkov strežnika InterProSurf in spletnega orodja PDBePISA predvidevamo, da je na stični površini med podenotama heterodimera vključenih 94 aminokislinskih ostankov α-aktinina-1, pri α-aktininu-4 pa 100. Preko napovedi fosforilacije s strežnikom NetPhos 3.1 za napoved fosforilacijskih mest in pa podatkovnih baz o fosforilaciji proteinov qPhos in EPSD predpostavljamo 4 (α-aktinin-1) oziroma 6 (α-aktinin-4) fosforilacijskih mest, ki se nahajajo na stični površini podenot in bi kot taka lahko potencialno imela vpliv na stabilnost heterodimera.20202020-09-10 12:35:00Diplomsko delo/naloga119673sl