Bioinformacijska analiza zunajcelične domene ADAM17 in priprava zapisov za njene skrajšane oblikeBratina, Aljaž (Avtor) Lenarčič, Brigita (Mentor) ADAM17zunajcelična domenaEpCAModcep ektodomeneregulacija encimske aktivnostiADAM17 je transmembranska metaloproteaza, ki sodeluje v mnogih fizioloških in patoloških procesih. Katalizira odcep ektodomene nekaterih drugih transmembranskih proteinov, kar je ponavadi začetna stopnja v regulirani intramembranski proteolizi. S tem posredno sodeluje pri celičnem signaliziranju. Poleg tega se lahko veže na integrin α5β1 in tako omogoča interakcije med celicami. Zunajcelična domena ADAM17 je v zreli obliki sestavljena iz katalitične, disintegrinske in obmembranske domene ter kratke C-končne regije CANDIS. Med njimi izstopata predvsem obmembranska domena, ki jo vsebuje tudi najbližji homolog ADAM10, in regija CANDIS, ki je edinstvena lastnost tega encima. Regulacija aktivnosti ADAM17 je kompleksna, pri njej pa so pomembne tudi posamezne domene oz. njihova konformacija, ki se tekom življenjske dobe proteina spreminja. ADAM17 obstaja v dveh oblikah: odprti, aktivni, in zaprti, neaktivni. Da bi dobili vpogled v strukturo ADAM17, ki sicer ni znana, in v interakcijo s substratom EpCAM, smo s programi za napovedovanje struktur najprej naredili modele celotne zunajcelične domene in treh njenih skrajšanih oblik: CAT (vsebuje katalitično domeno), CAT-DIS (vsebuje katalitično in disintegrinsko domeno) in CAT-DIS-MPD (vsebuje katalitično, disintegrinsko in obmembransko domeno). S programi za molekulsko umeščanje smo ugotovili, da se lahko EpCAM na ADAM17 veže tudi, ko je ADAM17 v zaprti obliki, in da fleksibilna zanka na EpCAM ne vpliva na vezavo. Rezultati kažejo tudi, da predstavlja regija CANDIS pomemben strukturni regulatorni element, ki v zaprti obliki ADAM17 prepreči katalizo, saj se orientira tako, da aktivnemu mestu na ADAM17 ovira dostop do cepitvenega mesta na EpCAM.20202020-09-09 17:15:12Diplomsko delo/naloga119545sl