<?xml version="1.0"?>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"><rdf:Description rdf:about="https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?id=119318"><dc:title>Bioinformatska analiza in molekulsko kloniranje legumaina iz zelene alge Chlamydomonas reinhardtii</dc:title><dc:creator>Armič,	Doroteja	(Avtor)
	</dc:creator><dc:creator>Klemenčič,	Marina	(Mentor)
	</dc:creator><dc:subject>legumain</dc:subject><dc:subject>VPE</dc:subject><dc:subject>Chlamydomonas reinhardtii</dc:subject><dc:subject>CrVPE</dc:subject><dc:description>Legumaini ali vakuolni procesivni encimi (VPE) so cisteinske proteaze, ki jih najdemo pri praktično vseh organizmih. Imenujemo jih tudi asparaginilendopeptidaze, saj cepijo peptidno vez na C-koncu asparaginskega ali aspartatnega aminokislinskega ostanka. Pri rastlinah so prisotni v vakuoli, pri živalih pa v lizosomu. Njihova glavna vloga je procesiranje založnih proteinov, hidrolitičnih encimov in stresnih proteinov. Imajo pa tudi pomembno vlogo pri programirani celični smrti rastlin, saj sodelujejo pri kolapsu vakuole in s tem povzročijo sprostitev hidrolitičnih encimov v citosol. Glede tega so enakovredni kaspazam, ki povzročijo programirano celično smrt pri živalih.

Pri rastlinah obstajajo štiri izooblike VPE, in sicer αVPE, βVPE, γVPE in δVPE. Funkcije teh izooblik so že znane. VPE iz alg pa so slabo raziskani. Vemo, da je v genomu modelne zelene alge Chlamydomonas reinhardtii prisoten en gen za vakuolni procesivni encim (CrVPE), vendar funkcija tega proteina še ni znana.

S poravnavo zaporedij in ustvarjanjem filogenetskih dreves smo določili sorodnost CrVPE z izooblikami VPE iz višjih rastlin. Ugotovili smo, da je CrVPE najbolj soroden izoobliki βVPE. Med rastlinskimi VPE je znana samo struktura γVPE iz modelne rastline Arabidopsis thaliana, zato smo model strukture CrVPE primerjali s strukturo tega proteina. Glede na znana aktivna mesta in vezavne žepe VPE iz višjih rastlin smo določili aminokislinske ostanke, ki tvorijo vezavni žep in aktivno mesto pri CrVPE. Poiskali smo tudi podatke o izražanju gena za VPE pri algi Chlamydomonas reinhardtii pod različnimi pogoji in ugotovili, da se njegovo izražanje večinoma poveča ob stresnih pogojih.

Izvedli smo tudi prve stopnje kloniranja CrVPE v bakteriji Escherichia coli. Ker je sintezni gen, ki smo ga naročili, vseboval neželeno insercijo, smo zaporedje spremenili z zaporednimi reakcijami PCR.</dc:description><dc:date>2020</dc:date><dc:date>2020-09-08 07:25:01</dc:date><dc:type>Diplomsko delo/naloga</dc:type><dc:identifier>119318</dc:identifier><dc:language>sl</dc:language></rdf:Description></rdf:RDF>