Identifikacija in opis malih molekul RNA pri fitopatogeni glivi Verticillium nonalfalfaeJeseničnik, Taja (Avtor) Jakše, Jernej (Mentor) Štajner, Nataša (Komentor) RNA-interferencamilRNAsekvenciranje NGSAGODCLRdRPfitopatogene gliveVerticillium nonalfalfaehmeljverticilijska uvelost hmeljaRNA-interferenca (RNAi) je ohranjen mehanizem regulacije izražanja genov, prisoten v živalih, rastlinah in glivah. Ravno v kraljestvu gliv, na modelnem organizmu Neurospora crassa, je bil mehanizem RNAi intenzivno preučevan, študije pa so vodile v odkritje glavnih komponent mehanizma, ki vodijo proces utišanja, to so proteini od RNA odvisna polimeraza RNA (RdRP), Dicer (DCL) ter Argonavt (AGO). Pri filamentoznih patogenih glivah, kamor uvrščamo tudi glivo Verticillium nonalfalfae (V. nonalfalfae), ki je povzročiteljica vaskularne bolezni hmelja, je bil mehanizem RNAi izpostavljen kot eden izmed mehanizmov patogenosti gliv. Male in mikro molekulam RNA podobne RNA (milRNA) so bile pri glivah vpletene ne samo v regulacijo izražanja endogenih genov, temveč izpostavljene kot efektorji, ki jih glive transportirajo v rastlinske gostitelje, kjer regulirajo izražanje gostiteljevih obrambnih mehanizmov. Zaradi pomembnega doprinosa mehanizma RNAi k patogenosti gliv smo v doktorski disertaciji okarakterizirali mehanizem RNAi pri glivi V. nonalfalfae z identifikacijo ključnih komponent sinteze malih RNA in milRNA ter komponente utišanja tarčnih genov. Potrdili smo obstoj in izražanje dveh proteinov RdRP, dveh DCL in dveh AGO. Nadaljnje smo identificirali ter potrdili izražanje devetih milRNA glive ter potrdili aktivnost mehanizma RNAi z eksperimentalno analizo razreza tarčnih mRNA, napovedanih v anotiranem genomu glive. Z raziskavami v okviru doktorske disertacije smo prvič poročali o obstoju mehanizma RNAi pri glivi V. nonalfalfae, kar bo bistveno doprineslo k razvoju novih strategij zatiranja škodljivca ter nadzora verticilijske bolezni hmelja.[T. Jeseničnik]20202020-08-22 07:15:04Doktorsko delo/naloga118133sl