Termodinamske značilnosti zvitja s citozini bogate verige DNA iz promotorske regije protoonkogena c-mycKončan, Danijela (Avtor) Lah, Jurij (Mentor) DNAc-myci-motivsprememba pHtermodinamikaMolekula DNA je kot nosilka genetske informacije predmet številnih raziskav. Poleg dobro znane Watson-Crickove strukture DNA obstajajo tudi drugačne konformacije DNA, kot sta G-kvadrupleks in i-motiv. Pojavljata se v pomembnih regijah v genomu in sodelujeta pri procesih kot sta podvajanje in prepisovanje. Ker se pogosto tvorita v promotorskih regijah onkogenov, sta vedno bolj preučevana kot možni tarči za zdravila pri zdravljenju raka. V tem magistrskem delu smo se osredotočili na zvitje krajšega zaporedja DNA v i-motiv. Za njegovo tvorbo je v prvi vrsti potrebna protonacija citozina, kar vodi v nastanek C+-C para. Če je zaporedje bogato s citozini, se lahko tvori več takih parov in posledica je zvitje verige v urejeno strukturo. Predmet raziskave je bilo preučevanje zvitja in razvitja s citozini bogatega zaporedja DNA (5'-CCTTCCCCACCCTCCCCACCCTCA-3') v i-motiv. Zaporedje najdemo v promotorski regiji človeškega protoonkogena c-myc, katerega preveliko izražanje je povezano z velikim številom rakavih obolenj. S kombinacijo spektroskopskih in kalorimetričnih meritev smo raziskovali termodinamiko zvitja in razvitja, ki smo ga dosegali z uravnavanjem pH in temperature. Izkazalo se je, da je zvitje, doseženo s spreminjanjem pH, reverzibilen proces, pri ohlajanju toplotno denaturiranega i-motiva pa se struktura ne povrne. Pri študiji smo ugotovili tudi, da vezanje protonov ni popolnoma kooperativno. Za spremembo konformacije je namreč dovolj že nastanek dveh ali treh od predvidenih petih citozinskih parov. Celotno entalpijo zvitja v i-motiv smo dobili z upoštevanjem dveh prispevkov in sicer vzpostavitev π–π interakcij med naloženimi bazami razvite verige ter nadaljnje zvitje v i-motiv. Proces je voden entalpijsko, entropijska sprememba in sprememba toplotne kapacitete pa sta negativni.20202020-02-28 13:25:11Magistrsko delo/naloga114450sl