Vloga genskih skupkov, sestavljenih iz genov podobnih susCD in genov kodirajočih za nespecifične nukleaze, v razgradnji in uporabi eksogenih nukleinskih kislin pri rodovih Prevotella in BacteroidesPinterič, Bor (Avtor) Accetto, Tomaž (Mentor) molekularna genetikagenski skupkisusCsusDnucAnucBnespecifične nukleazePrevotellaBacteroideszunajcelične nukleinske kislinerazgradnjauporabaanaerobne tehnikegelska elektroforezareverzna transkripcijaPCR v realnem časuNamen magistrskega dela je bil raziskati vlogo genskih skupkov, sestavljenih iz genov podobnih susCD in genov, kodirajočih za nespecifične nukleaze. Osredotočili smo se na vrste iz rodov Prevotella in Bacteroides in njihove sposobnosti privzema in razgradnje različnih polisaharidov s pomočjo genskih skupkov sestavljenih iz genov za privzem in razgradnjo različnih polisaharidov (PUL-i). Obravnavali smo varianto skupkov, katerih tarčne molekule so predvidoma nukleinske kisline, gene za razgradnjo saharidov pa nadomestijo nespecifične nukleaze. Delo je obsegalo tri glavne sklope: bioinformacijski pregled, gojitvene študije in opredelitev aktivnosti skupkov z RT-qPCR. V genomih smo iskali prisotnost podobnih skupkov. Na šestih izbranih sevih smo s pomočjo Hungate gojitvenih tehnik pokazali sposobnost rasti v gojišču z dodatkom posameznih nukleozidov, sladkorjev (riboze oz. deoksiriboze) ter DNA ali RNA. Izražanje genov iz domnevno aktivnih skupkov smo potrdili z uporabno reverzne transkripcije izolirane RNA, ter PCR v realnem času. Izkaže se, da so skupki široko zastopani, arhitekturno ohranjeni, ter da sevi kažejo sposobnost rasti v prisotnosti (gradnikov) nukleinskih kislin. Razlike v izražanju genov so opazne, a jih nismo uspeli točno razložiti, smo pa nakazali morebiten pomen skupkov v razgradnji nukleinskih kislin, tako pri vampnih simbiontih, kot tudi potencialnih patogenih predstavnikih ustne mikrobiote.[B. Pinterič]20192019-12-21 07:45:36Magistrsko delo/naloga113338sl