Detekcija in karakterizacija virusa GPGV in viroida GYSVd - 1 pri slovenskih avtohtonih in udomačenih sortah žlahtne vinske trte (Vitis vinifera L.)Beber, Aljoša (Avtor) Štajner, Nataša (Mentor) vinska trtadetekcijavirus GPGVviroid GYSVd-1udomačena sortaŽlahtna vinska trta (Vitis vinifera L.) spada v družino vinikovk. V naravi jo okužuje okoli 70 virusov in sedem viroidov. Izmed sedmih viroidov sposobnih okužbe vinske trte, sta le dva, ki povzročita bolezensko stanje. V magistrskem delu smo preverili okužbo trt z virusom GPGV in viroidom GYSVd-1 pri sortah 'Cipro', 'Rebula', 'Malvazija', 'Pokalca', 'Poljšakica', 'Volovnik' in 'Zeleni sauvignon', in sicer z molekularno metodo RT-PCR in uporabo specifičnih začetnih oligonukleotidov. Na 15 vzorcih žlahtne vinske trte, od skupno 22, smo potrdili prisotnost virusa GPGV z dvema kompletoma začetnih oligonukleotidov. S parom začetnih oligonukleotidov Det-F1 in Det-R1 smo pomnožili lokus za proteinski plašč (CP), s parom Mer-F1 in Mer-R1 pa lokus za gibalni protein (MP). Pri določanju nukleotidnega zaporedja virusov vzorcev 'Zeleni Sauvignon' z bolezenskimi znaki in brez bolezenskih znakov smo določili razlike v posameznih bazah zaporedij. Na devetih vzorcih žlahtne vinske trte od skupno 13 smo potrdili prisotnost viroida GYSVd-1 s kompletom začetnih oligonukletidov (342P in 341Lj_M), od tega smo pri viroidih Rebule GPGV, Volovnika AV4 in Poljšakice AV dobili le delna zaporedja. Na osnovi dobljenih in urejenih zaporedij smo naredili filogenetsko analizo in ugotovili, s katerimi že identificiranimi in karakteriziranimi izolati v bazi podatkov (NCBI) se zaporedja naših vzorcev najbolj ujemajo. Pričakovano je večina zaporedij delila največje ujemanja z vzorci, ki so bili identificirani v Evropi. Izjema so bili trije vzorci, in sicer s trt Cipro AV1, Malvazija AV in Rebula 2TR. Cipro AV1 in Malvazija AV, ki smo jih pomnožili z začetnima oligonukletidoma Mer-F1 in Mer-R1, sta se v nukletidnem zaporedju najbolj ujemala z vzorcem, ki je bil identificiran na žlahtni vinski trti v ZDA. Vzorec Rebula 2TR, ki smo ga pomnožili z začetnima oligonukletidoma 342P in 341Lj_M, se je v zaporedju nukletidnega zaporedja najbolj ujemal z vzorcem s Kitajske.[A. Beber]20192019-10-18 07:45:16Magistrsko delo/naloga111980sl