Preučevanje polarnosti različnih viroidov in njihovih kombinacij v okuženih rastlinah hmeljaSečnik, Andrej (Avtor) Jakše, Jernej (Mentor) Štajner, Nataša (Komentor) hmeljviroidipolarnostinterakcije viroidi-rastlinabioinformatska analizaRT-qPCRViroidi so majhne, visoko infektivne, enoverižne molekule RNA z izrazito sekundarno strukturo. Njihovo preučevanje v okuženih rastlinah se v glavnem osredotoča na okužbe z eno vrsto viroida. Hmelj (Humulus lupulus L.) okužujejo štirje viroidi, v našem delu pa smo raziskovali polarnost molekul viroidov HLVd, CBCVd in HSVd in nivo njihove akumulacije pri hkratnih okužbah hmelja. Na podlagi rezultatov RT-qPCR in obdelanih sekvenčnih podatkov pridobljenih v sklopu projekta »Analiza odziva rastlin ob hkratnih okužbah viroidov in identifikacija odpornosti – L4-6809« smo ugotovili, da se viroidi v hmelju razmnožijo do nivoja zasičenja, ki je verjetno pogojen z omejenimi viri energije gostitelja. Pokazali smo tudi, da je pri hkratnih okužbah med viroidi prisoten antagonizem, zlasti v kombinaciji viroidov HSVd in CBCVd. Rezultati RT-qPCR so pokazali tudi, da je viroid HSVd najbolj, viroid CBCVd pa najmanj občutljiv na prisotnost drugega viroida. Podatki RNA-seq kažejo na to, da pri viroidih HLVd in CBCVd prevladuje (?) oblika viroida, kar je zanimivo, saj nekateri podatki iz literature pravijo ravno nasprotno. Glede tega pa rezultati qPCR niso konsistentni, prisotna pa je tudi določena stopnja biološke variabilnosti, kar kaže na to, da je v podobnih eksperimentih potrebno analizirati večje število rastlin. Menimo, da bi morali za študij polarnosti in interakcij viroid-rastlina uporabiti alternativne pristope, ki temeljijo na neposrednem štetju molekul RNA viroidov[A. Sečnik]20192019-09-07 07:46:14Magistrsko delo/naloga109726sl