Tehnologije dolgih odčitkov za izboljšano sestavljanje kompleksnih genomovHozjan, Žan (Avtor) Jakše, Jernej (Mentor) genomzaporedje DNAsekvenciranjekartiranje genovTehnologije dolgih odčitkov so še vedno karakterizirane kot počasne tehnologije, ki generirajo veliko napak. Karakterizacija temelji na dejstvih iz preteklosti, saj so tehnologije dolgih odčitkov danes mnogo hitrejše, cenejše in natančnejše. Razvoji tehnologij, kot je krožno sekvenciranje podjetja PacBio, ter različni novi razviti algoritmi, kot sta Canu in Flye, omogočajo natančnost sekvenciranja, ki se lahko kosa s tisto, ki jo dobimo pri sekvenciranju s tehnologijami kratkih odčitkov (99,8 % pri krožnem sekvenciranju in 99 % pri algoritmu Canu). Poleg primerljive natančnosti s tehnologijami kratkih odčitkov pa dolgi odčitki ponujajo bistvene prednosti pri kartiranju in anotiranju genomov, sekvenciranju haplotipov, odkrivanju velikih strukturnih variacij in branju rastlinskih genomov z ogromnim številom dolgih ponovljivih regij (te lahko presegajo tudi več kot 80 % genoma). To omogočajo izjemne dolžine odčitkov, ki lahko presegajo tudi milijon baznih parov. V dolžini odčitkov prednjači tehnologija podjetja Oxford Nanopore, ki temelji na prehodu DNA zaporedja skozi biološko nanoporo. Danes ponujajo naprave, ki lahko v 48 urah proizvedejo 6 Tb podatkov in so po pretoku informacij konkurenčne NGS tehnikam kratkih odčitkov. Alternativa dolgim odčitkom so sintetične metode dolgih odčitkov, ki se ponašajo z nižjimi cenami in natančnimi prvimi branji. Tehnologija podjetja 10X Genomics ponuja možnost kartiranja genoma (doseženo je bilo 90 % pokrivanje referenčnega genoma človeka) brez sekvenciranja dolgih odčitkov. Efektivno kartiranje genomov omogoča tudi optično kartiranje, s katerim se da uspešno kartirati visoko ponovljive poliploidne genome, kot je genom pšenice, dolžine 17 Gb.[Ž. Hozjan]20192019-09-06 07:45:21Diplomsko delo/naloga109589sl