Določanje bakterij rodu Staphylococcus pri okužbah sklepnih protez z uporabo bakteriofaga K in sonikacijo sklepnih protezŠuster, Katja (Avtor) Cör, Andrej (Mentor) Podgornik, Aleš (Komentor) okužbe sklepnih protezdiagnostikabakteriofag KstafilokokisonikatbakterijeV okviru naloge smo načrtovali raziskovanje možnosti uporabe bakteriofaga K za določanje bakterij rodu Staphylococcus pri okužbah sklepnih protez (OSP). S preverjanjem njegove specifičnost smo dokazali, da je visoko specifičen za povzročitelje OSP iz rodu Staphylococcus in primeren za uporabo za detekcijo stafilokokov v vzorcih. Optimalni čas za bakterijsko detekcijo z metodo lize stafilokokov z bakteriofagom K in detekcijo sproščenega ATP (metoda ATP) je bil 120 min po okužbi z bakteriofagom K, za detekcijo bakteriofagne DNK z metodo qPCR (metoda qPCR) pa 180 min. Meja detekcije je bila, ob uporabi metode ATP, v območju 10^3 CFU/mL, pri uporabi metode qPCR pa smo detektirali 6,8 × 10^2 CFU/mL bakterij, kar predstavlja manj kot 1 bakterijo na µL vzorca, ki ga testiramo v qPCR. Po uspešni vzpostavitvi živega, vendar nekultivabilnega (VBNC) stanja bakterij, smo jih poizkusili dokazati z optimiziranima metodama detekcije. Z metodo ATP bakterij v stanju VBNC nismo bili sposobni zaznati, saj bakterije niso lizirale. Z metodo qPCR pa je detekcija VBNC bakterij mogoča na podlagi adsorpcije dodanih bakteriofagov. Z uporabo metod za detekcijo bakterij pri 104 kliničnih sonikatih smo dosegli enako občutljivost določitve stafilokokov v vzorcih sonikatov v primerjavi s standardnimi mikrobiološkimi preiskavami, in 100 % specifičnost. Pomembno pa se je zmanjšal čas detekcije. Rezultati odpirajo možnost za nadaljnje raziskovanje bakteriofagov in razširitve spektra detekcije metod s čimer bi se približali k razvoju hitre in specifične metode za natančno in poceni diagnostiko OSP.20192019-06-16 07:15:08Doktorsko delo/naloga108098sl