Napoved nespecifičnih učinkov pri uporabi tehnologije CRISPR/Cas9Spruk, Gregor (Avtor) Ogorevc, Jernej (Mentor) Zorc, Minja (Komentor) CRISPRCas9specifičnostizven-tarčna mestaCRISPR/Cas tehnologija je relativno enostavna in učinkovita metoda za ciljano urejanje genomov na mestih, ki jih določimo z vodilno RNA (sgRNA). Izbira le-te je poglavitna za zmanjšanje nespecifičnega endonukleaznega delovanja, ki povzroča izven-tarčne učinke. Ker so interakcije med DNA in sgRNA kompleksne, si pri tem pomagamo z algoritmi, ki v genomu izbranega organizma predvidijo potencialna izven-tarčna mesta. V diplomski nalogi smo z algoritmom preverili, če je referenčni genom optimalna izbira za oblikovanje sgRNA pri različnih mišjih linijah. V ta namen smo z algoritmom Cas-OFFinder poiskali izven tarčna mesta za izbrane sgRNA v genomih različnih mišjih linij in v referenčnem genomu miši. Ugotovili smo, da referenčni genom ni vedno optimalna izbira za oblikovanje sgRNA, in da se lahko izven-tarčna mesta pri različnih linijah in celo med posameznimi osebki iste linije razlikujejo. Uporaba referenčnega genoma je torej primerna izbira pri oblikovanju sgRNA za linije, kjer nimamo na voljo specifičnih genomov, a so lahko pri tako oblikovani sgRNA izven-tarčni učinki bolj pogosti kot pri uporabi genoma specifične linije. Optimalna izbira bi bila oblikovanje sgRNA na dejanskem genomu organizma, če to ni mogoče pa na genomu pasem ali linij, ki so našemu organizmu čim bolj sorodni.[G. Spruk]20192019-06-02 07:45:31Diplomsko delo/naloga107888sl