Metilacijski in transkriptomski biooznačevalci pri Huntingtonovi bolezniZadel, Maja (Avtor) Peterlin, Borut (Mentor) Huntingtonova bolezentranskriptomska analizaanaliza metilacijepolna kribiooznačevalcipatogenetski mehanizmiHuntingtonova bolezen (HB) je avtosomna dominantna nevrodegenerativna bolezen, ki jo povzroča mutacija gena za protein huntingtin htt in nastopi v starosti od 30 do 45 let. Klinično se kaže kot upadanje kognitivnih in motoričnih funkcij, ki po od 15 do 20 letih vodijo v smrt bolnika. Raziskave kažejo, da je ekspresija genov spremenjena v različnih tkivih bolnika s HB ter da lahko spremembe v transkriptomu striatuma bolnikov s HB povežemo s spremembami v krvi. Naša hipoteza je bila, da bomo s transkriptomsko analizo in analizo globalne metilacije DNA v krvi nosilcev mutacije lahko pokazali na specifične biooznačevlace za HB, ki bi se uporabili kot surogatni biooznačevalci dogajanja v možganih. Transkriptomska analiza vzorcev polne krvi nosilcev mutacije za HB in zdravih preiskovancev je med 740 statistično značilno spremenjenimi transkripti pokazala na 3 nove gene (SPG7, C21orf2, PCSK7), ki smo jih povezali s patogenetskimi mehanizmi, značilnimi za nevrodegenerativne bolezni. Sistematična analiza naših rezultatov in še 4 transkriptomskih raziskav je pokazala na ujemanje v 15 diferenčno izraženih genih, od katerih jih je 6 povezanih z razvojnimi nevrološkimi motnjami. Poleg analize transkriptoma smo analizirali tudi globalno metilacijo DNA pri nosilcih mutacije za HB in zdravih preiskovancev. Tako smo pri skupini predsimptomatskih in simptomatskih bolnikov pokazali na 3 signifikantne gene (CLDN16, NCT2, DDC), kjer je bil gen DDC že povezan z nevropsihiatričnimi motnjami, a ne s HB. Kljub navedenemu se omenjeni 3 geni niso izkazali za dovolj specifične in zanesljive biooznačevalce za HB. Z integrativno analizo smo preučili povezavo med spremembami v metilaciji DNA in spremembami v transkriptomu. Analiza je pokazala na 12 genov, a nobeden od njih ni dosegel signifikantnosti. Skupen je bil gen FBXL5, ki je vključen v ubikvitinacijo proteinov in aktivacijo imunskega sistema in bi ga tako lahko povezali s sistemskim odzivom na bolezen. Nadalje so bili v skupini tudi 4 geni (POP5, GRAP, UPS5, SEC24C), ki obratno korelirajo med metilacijo in ekspresijo RNA. Analiza globalne metilacije skupaj s transkriptomsko analizo ni pokazala na povezano delovanje transkriptoma in globalne metilacije DNA in je tako premalo, da bi jih lahko postavili kot specifične in zanesljive biooznačevalce HB.20192019-04-03 13:52:51Doktorsko delo/naloga107359sl