Določanje tarčnih proteinov bioaktivnih komponent v hrani s protirakavim delovanjem z uporabo bioinformacijskih orodij.Škufca, Sandra (Avtor) Konc, Janez (Mentor) Kunej, Tanja (Komentor) bioaktivne komponentebiotehnologijaepigenomikahranakomponente hranenutrigenomikaraktranskriptomikaNutrigenomika proučuje vpliv hrane na genomsko stabilnost, epigenetske modifikacije, transkriptom, proteom, metabolom ter na razvoj kroničnih bolezni, kot je tudi rak. Namen naloge je bil pregled literature najbolje raziskanih bioaktivnih komponent v hrani s protirakavim delovanjem ter izbor spojine, kateri smo z uporabo bioinformacijskih orodij napovedali tarčne proteine pri človeku. Zasledili smo, da je epigalokatehin galat (EGCG) ena izmed najbolje raziskanih spojin v hrani, ki deluje proti raku. Eksperimentalno dokazano preprečuje mutacije DNA, saj sodeluje v DNA popravljalnih mehanizmih in preprečuje razvoj raka, saj je inhibitor proliferacije, angiogeneze, invazije in metastaziranja ter je induktor apoptoze. Z uporabo bioinformacijskega programa inverznega molekularnega sidranja Proteus smo napovedali 100 tarčnih proteinov pri človeku z najmanj proste vezne energije v interakciji z EGCG. 59 proteinskih tarč je program Proteus našel na novo in predstavljajo izhodišče za kasnejše eksperimentalne raziskave. S tem namenom smo opredelili vpliv tarčnih proteinov na transkripcijske dejavnike in njihove ciljne gene, analizirali vpliv na signalne transdukcijske poti ter s programom za vizualizacijo molekul PyMOL predstavili interakcije med EGCG ter nekaterimi tarčnimi proteini. Pripomogli smo k validaciji nutrigenomskih študij ter programa Proteus in k razvijanju nutrigenomske zbirke. V kombinaciji z individualnim predpisovanjem zdravil glede na posameznikov genotip, lahko razvijemo učinkovit sistem terapije proti raku.[S. Škufca]20182018-11-25 07:45:33Magistrsko delo/naloga105401sl