In silico določitev in mutacijska analiza kandidatnih efektorjev fitopatogene glive Verticillium albo-atrumMarton, Kristina (Avtor) Javornik, Branka (Mentor) Berne, Sabina (Komentor) Verticillium albo-atrumefektorjimutacijska analizafitopatogena glivaGliva Verticillium nonalfalfae, prej poimenovana V. albo-atrum, je fitopatogena askomiceta, ki povzroča bolezen prevodnega tkiva različnih rastlin, imenovano verticilijska uvelost. V Sloveniji največ škode povzroča V. nonalfalfae na hmelju (Humulus lupulus). Poleg fitosanitarnih ukrepov je najučinkovitejši pristop preprečevanja bolezni gojenje odpornih sort. Ključnega pomena pri razvoju novih ukrepov je poznavanje dejavnikov patogenosti glive, predvsem njihovih sekretornih proteinov, kot so efektorji, encimi in toksini. V doktorski disertaciji smo se osredotočili na efektorske proteine, ki smo jih želeli določiti z analizo razpoložljivih genomskih in proteomskih podatkov ter rezultatov RNA-Seq eksperimentov ter jih potrditi z mutacijsko analizo. Anotiranim genskim modelom glive V. nonalfafae (9269) smo z bioinformacijskimi orodji najprej določili in silico sekretom (944), ki je obogaten z encimi, ki so vpleteni v razgradnjo celičnih sten, s proteazami, lipazami, kutinazami in oksidoreduktazami, kar sovpada s patogenezo glive V. nonalfalfae kot hemibiotrofom. Nadalje smo identificirali genske modele izražene in planta (766), predvideli kandidatne sekretorne efektorske proteine (263) ter izbrali najboljše kandidate na podlagi razvrščanja po lastnostih že potrjenih glivnih efektorjev. V odpornih in neodpornih rastlinah hmelja po okužbi z V. nonalfalfae smo z RT-qPCR določili ekspresijo najbolj obetavnim (44) kandidatom. Z uporabo ATMT metode smo pripravili delecijske mutante petim izbranim efektorskim genom in umetno okužili neodporne sorte hmelja. Bolezenska znamenja smo ocenili z bolezenskim indeksom ter z izračunanimi vrednostmi rAUDPC. Bioinformacijski postopek za določanje efektorjev se je izkazal za relativno učinkovitega, saj smo z njim potrdili že prej določena efektorja VnaSSP4.2 in VnaUn.279 glive V. nonalfalfae. Delecijski mutant ΔVna1.565 je kazal zakasnelo virulenco, ΔVna8.691 pa povečano virulenco, medtem ko pri ostalih treh delecijskih mutantih nismo zaznali statistično značilnih razlik v primerjavi z divjim tipom glive, kljub njihovi visoki ekspresiji in planta. Njihova potencialna vloga v patogenezi glive je obravnavana v razpravi.20182018-07-15 07:45:02Doktorsko delo/naloga101957sl