izpis_h1_title_alt

Implementacija metode asimetričnega srednjega drevesa za iskanje konsenza filogenetskih dreves : diplomsko delo
ID SOBAN, URBAN (Avtor), ID Curk, Tomaž (Mentor) Več o mentorju... Povezava se odpre v novem oknu

.pdfPDF - Predstavitvena datoteka, prenos (826,23 KB)
MD5: 68CAF1102A7E6A69DF848979B7665274
PID: 20.500.12556/rul/211e2855-36ca-4881-8518-d2ecf77e4074

Izvleček
Filogenetsko drevo prikazuje evolucijska razmerja med taksonomskimi enotami. Danes jih gradimo programsko z uporabo različnih metod in na podlagi različnih virov podatkov (npr., zaporedja DNA ali RNA). To mnogokrat privede do nasprotujočih si evolucijskih hipotez, ki jih nato skušamo združiti v eno samo hipotezo oziroma konsenzno drevo. V diplomskem delu je obravnavana konsenzna metoda asimetričnega srednjega drevesa. Le-ta in še dve aproksimacijski metodi so bile implementirane v odprtokodnem paketu Biopython. Uspešnost metode asimetričnega srednjega drevesa je bila primerjana z uspešnostjo metod za gradnjo striktnega, večinskega in Adamsovega konsenza, na nekaj umetnih in enem dejanskem primeru. Pridobljena drevesa so bila ovrednotena z uporabo Robinson-Fouldsove mere in mere razrešenosti drevesa. Asimetrično srednje drevo je velikokrat najmanj podobno vhodnim drevesom, a hkrati najbolj razrešeno drevo, saj podaja največ informacije o evolucijskih razmerjih med taksonomskimi enotami.

Jezik:Slovenski jezik
Ključne besede:konsenz, drevo, filogenetika, asimetrično srednje drevo, Biopython, Robinson-Fouldsova mera
Vrsta gradiva:Diplomsko delo/naloga
Tipologija:2.11 - Diplomsko delo
Organizacija:FRI - Fakulteta za računalništvo in informatiko
Leto izida:2014
PID:20.500.12556/RUL-29476 Povezava se odpre v novem oknu
COBISS.SI-ID:1536122051 Povezava se odpre v novem oknu
Datum objave v RUL:17.09.2014
Število ogledov:1757
Število prenosov:448
Metapodatki:XML DC-XML DC-RDF
:
Kopiraj citat
Objavi na:Bookmark and Share

Sekundarni jezik

Jezik:Angleški jezik
Naslov:Implementation of asymmetric median tree method for the computation of a consensus phylogenetic tree
Izvleček:
A phylogenetic tree displays evolutionary relationships between taxonomical units. Nowadays, they are constructed programmatically by using different methods of inference and relying on various data sources, such as DNA and RNA sequences. The resulting evolutionary hypotheses are often contradictory, and need to be resolved by applying consensus methods. In this thesis, asymmetric median tree method (AMT) for construction of consensus phylogenetic trees is described, and along with two other approximation methods implemented in Biopython. AMT was compared to methods of strict, majority and Adams consensus trees on a number of artificial and one real data set. The comparisons were evaluated using the Robinson-Foulds and the tree resolution metrics. The results show that AMT is often the least similar to the input trees. At the same time, it is the most resolved tree, and therefore it offers the most information about evolutionary history of taxonomical units.

Ključne besede:consensus, tree, phylogeny, asymmetric median tree, Biopython, Robinson–Foulds distance

Podobna dela

Podobna dela v RUL:
Podobna dela v drugih slovenskih zbirkah:

Nazaj