V sklopu naše raziskave smo želeli ugotoviti, kako rokovanje z vzorci, njihovo shranjevanje in obdelava vpliva na izražanje genov v posameznih celicah Langerhansovih otočkov trebušne slinavke, s poudarkom na razločevanju med tehničnimi artefakti in dejanskimi biološkimi spremembami, predvsem v okviru sladkorne bolezni tipa 2. S primerjavo dveh serij vzorcev smo ugotovili, da res vpliva na izražanje genov, saj so imele celice, iz predhodno že objavljene Serije 2, povečano izražanje s stresom povezanih genskih setov, vključno z biološkimi potmi kot sta stres endoplazmatskega retikuluma in signaliziranje s citokini. Nasprotno pa so celice iz Serije 1 karakterizirali genski seti, povezani s celičnimi delitvami, kar nakazuje, da so bile te verjetno izpostavljene manjšemu stresu. V okviru študije smo želeli tudi ugotoviti, kakšne so podobnosti med učinki stresa, ki izhaja iz rokovanja z vzorci, in biološkimi spremembami, ki so posledice sladkorne bolezni tipa 2. Čeprav smo opazili nekatere podobnosti, kot je več apoptoze v določenih podtipih beta celic, so bile le-te omejene, torej tehnični stres nima povsem enakega vpliva kot kompleksne biološke spremembe, ki so povezane s sladkorno boleznijo tipa 2. Poleg tega je analiza pokazala, da določeni tehnični dejavniki, kot sta vsebnost inzulina pred distribucijo in število iztekanj pankreatičnega soka iz glave trebušne slinavke, vplivajo na razmerje med podtipi beta celic, zaradi česar bi morali tudi te dejavnike upoštevati pri scRNA-seq analizah. Naša spoznanja kažejo na pomembnost natančnega nadzora in pazljivosti pri interpretaciji tehnične variabilnosti v scRNA-seq analizah, če želimo korektno raziskovati biološke spremembe pri sladkorni bolezni tipa 2.
|
