Integration of genomic information into national genetic evaluation scheme in Slovenian Brown dairy cattle population

Luštrek, Barbara (avtor), Potočnik, Klemen (mentor), Vandenplas, Jeremij (komentor)

V disertaciji smo proučili možnosti uporabe genomskih informacij na nivoju kvantitativnih in kvalitativnih lastnosti v okviru obstoječe sheme nacionalnega genetskega vrednotenja slovenske populacije rjavega goveda. Raziskali smo možnosti vzpostavitve nacionalnega vrednotenja genomske napovedi plemenske vrednosti (GEBV) z majhno nacionalno referenčno populacijo, ki jo v večji meri sestavljajo krave in z vključitvijo zunanjih in genomskih informacij tujih bikov. Pokazali smo, da se vključitev večje količine tujih genomskih in zunanjih informacij v nacionalno vrednotenje GEBV odrazi z največjo zanesljivostjo GEBV in manj pristranskimi nacionalnimi GEBV. Na ta način kandidati za selekcijo pridobijo enako ali bolj zanesljive GEBV veliko prej kot v konvencionalni shemi genetskega vrednotenja. Ob uporabi (izboljšanih) nacionalnih, namesto mednarodnih GEBV lahko pride do večjega prerangiranja živali, predvsem za lastnosti prireje. V nadaljevanju smo raziskali vpliv selekcije z upoštevanjem želenega genotipa monogenske lastnosti na genetski napredek na nivoju črede. Pokazali smo, da lahko selekcija z upoštevanjem želenega genotipa monogenske lastnosti negativno vpliva na genetski napredek kvantitativnih lastnosti, pričakovani genetski napredek pa je odvisen od obstoječe selekcije na kvantitativno lastnost in od interakcije med specifično monogensko in kvantitativno lastnostjo na nivoju črede. Rezultati te raziskave se lahko uporabijo pri nadgradnji nacionalne sheme rutinskega genetskega vrednotenja populacij mlečnih pasem govedi.

• Jezik: Angleški jezik
• Ključne besede: govedo, mlečne pasme, rjavo govedo, genetika, genomika, genomske informacije, nacionalna shema genetskega vrednotenja, Slovenija
• Vrsta gradiva: Doktorsko delo/naloga
• Organizacija: BF - Biotehniška fakulteta
• Leto izida: 2023
• PID: 20.500.12556/RUL-152668
• COBISS.SI-ID: 177427203
• Datum objave v RUL: 04.12.2023

LUŠTREK, Barbara, 2023, Integration of genomic information into national genetic evaluation scheme in Slovenian Brown dairy cattle population [na spletu]. Doktorska disertacija. [Dostopano 21 april 2025]. Pridobljeno s: https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?lang=slv&id=152668

Sekundarni jezik

• Jezik: Slovenski jezik
• Naslov: Vključitev genomskih informacij v nacionalno shemo genetskega vrednotenja pri slovenski populaciji rjavega goveda

Izvleček

This study aimed to investigate the use of genomic information in combination with real data at quantitative and qualitative levels in the framework of the current national genetic evaluation scheme for the Slovenian Brown Swiss cattle population. We investigated the possibility of introducing a national genomic evaluation with a small national cow-based reference population and integrating external and genomic information of foreign bulls. We showed that incorporating a large amount of foreign genomic and external information into national genomic evaluation results in the highest reliability of estimated genomic breeding values and less biased estimated genomic breeding values. That way, young selection candidates obtain the same or more reliable estimated genomic breeding values much earlier than in a conventional genetic evaluation scheme. By using (improved) national rather than international estimated genomic breeding values, a more comprehensive re-ranking for production traits is possible. We also investigated the effect of selection that considers favourable alleles of beneficial Mendelian traits on genetic improvement at the herd level. We have shown that selection for a favourable genotype of a beneficial Mendelian trait can have a negative impact on the genetic improvement of quantitative traits, with the magnitude of the response to selection depending on the existing selection pressure and the interaction between the specific Mendelian and quantitative traits at the herd level. The results of this study can be used to advance the routine national dairy cattle evaluation scheme.

• Ključne besede: dairy cattle, breeds, Slovenian Brown Swiss cattle, genetics, genomics, genomic information, national genetic evaluation scheme, Slovenia