Dataset and analysis of molecular dynamics simulation of EpCAM ectodomain dimer

Pavšič, Miha (avtor)

The data provided and described here give insight into the solution dynamics of the dimer of human EpCAM ectodomain (EpEX). As the starting point, crystal structure of EpEX non-covalent dimer was used (PDB ID 4MZV). The coordinates of solvent-embedded dimer were used to generate a topology file, which was in turn used for all-atom molecular dynamics (MD) simulation run of 20 ns length using full-system periodic electrostatics at a constant temperature of 310 K and a constant pressure of 1 atm. The MD trajectory file (part of this dataset) contains 4000 frames corresponding to recording/sampling atom positions every 5 ps. The simulation run was then analyzed in terms of root mean square deviations (RMSD) of protein atoms, and non-covalent inter-subunit interactions. The MD trajectory and analyzed data enable—in contrast to the static crystal structure—detailed analysis of solution-like protein structural dynamics and support design of EpCAM-targetting binders and structure-based analysis of EpCAM interactome.

• Jezik: Angleški jezik
• Ključne besede: EpCAM, tumor marker, molecular dynamics simulation, structure, residue-residue contact network
• Vrsta gradiva: Članek v reviji
• Tipologija: 1.01 - Izvirni znanstveni članek
• Organizacija: FKKT - Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo
• Status publikacije: Objavljeno
• Različica publikacije: Objavljena publikacija
• Leto izida: 2021
• Št. strani: 7 str.
• Številčenje: Vol. 38, art. 107403
• PID: 20.500.12556/RUL-138861
• UDK: 577
• ISSN pri članku: 2352-3409
• DOI: 10.1016/j.dib.2021.107403
• COBISS.SI-ID: 86882563
• Datum objave v RUL: 24.08.2022

Gradivo je del revije

• Naslov: Data in brief
• Založnik: Elsevier
• ISSN: 2352-3409
• COBISS.SI-ID: 32117977

Licence

• Licenca: CC BY 4.0, Creative Commons Priznanje avtorstva 4.0 Mednarodna
• Povezava: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.sl
• Opis: To je standardna licenca Creative Commons, ki daje uporabnikom največ možnosti za nadaljnjo uporabo dela, pri čemer morajo navesti avtorja.

Sekundarni jezik

• Jezik: Slovenski jezik
• Ključne besede: EpCAM, tumorski označevalec, simulacija molekulske dinamike, struktura, mreža stikov med aminokislinskimi ostanki

Projekti

• Financer: ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije
• Številka projekta: J1-7119
• Naslov: Biologija EpCAM na strukturnem nivoju kot osnova za učinkovito tumorsko ciljanje

• Financer: ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije
• Številka projekta: P1-0207
• Naslov: Toksini in biomembrane