Primerjava sporogenih bakterij iz črevesne mikrobiote članov istega gospodinjstva

Ošep, Anja (avtor), Starčič Erjavec, Marjanca (mentor), Tkalec, Valerija (komentor)

Sestava črevesne mikrobiote se od posameznika do posameznika razlikuje. V zadnjem času se raziskovalci vse bolj osredotočajo na proučevanje sporogenih predstavnikov črevesne mikrobiote in njihovo vlogo pri horizontalnem prenosu med ljudmi. V tovrstnih raziskavah največjo težavo predstavlja identifikacija sporogenih bakterij v črevesni mikrobioti. Raziskave črevesne mikrobiote ponavadi temeljijo na metagenomskem sekvenciranju, ki ima kljub mnogim prednostim tudi pomanjkljivosti, saj vseh organizmov s to metodologijo ne zaznavamo enako dobro. Z namenom odprave tovrstnih omejitev se vse bolj razvija kulturomika. Namen naše naloge je bil osamitev in identifikacija čim večjega števila sporogenih bakterij iz fecesa človeka ter njihova primerjava med posameznimi družinskimi člani. Uporabili smo vzorce fecesa štirih zdravih prostovoljcev, ki živijo v istem gospodinjstvu. Vzorce fekalnih suspenzij smo obdelali z etanolom in jih cepili na različna trdna gojišča. Vzporedno smo vzorce fekalnih suspenzij predhodno gojili tudi v tekočih gojiščih in jih nato cepili na trdna gojišča enake sestave. Za identifikacijo sporogenih predstavnikov črevesne mikrobiote smo uporabili molekularne in gojitvene metode. Za identifikacijo čistih kultur smo uporabili MALDI TOF MS in sekvenciranje gena za 16S rRNA, celotno združbo bakterij pa smo analizirali s 16S rRNA metagenomskim sekvenciranjem. Ugotovili smo, da predhodno gojenje vzorcev fekalne suspenzije v tekočih gojiščih ni prispevalo k identifikaciji večjega nabora predstavnikov črevesne mikrobiote. Na podlagi analize osamljenih izolatov smo opazili prekrivanje posameznih bakterijskih vrst med družinskimi člani. Pri proučevanih družinskih članih smo opazili tudi prekrivanje posameznih ZOTU sporogenih sevov.

• Jezik: Slovenski jezik
• Ključne besede: črevesna mikrobiota, sporogene bakterije, vzorci fecesa, kultivacija, metagenomika, družinski člani
• Vrsta gradiva: Magistrsko delo/naloga
• Tipologija: 2.09 - Magistrsko delo
• Organizacija: BF - Biotehniška fakulteta
• Kraj izida: Ljubljana
• Založnik: [A. Ošep]
• Leto izida: 2022
• PID: 20.500.12556/RUL-135692
• UDK: 579.25:575.111:616.34
• COBISS.SI-ID: 102444547
• Datum objave v RUL: 26.03.2022

OŠEP, Anja, 2022, Primerjava sporogenih bakterij iz črevesne mikrobiote članov istega gospodinjstva [na spletu]. Magistrsko delo. Ljubljana : A. Ošep. [Dostopano 5 maj 2025]. Pridobljeno s: https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?lang=slv&id=135692

Sekundarni jezik

• Jezik: Angleški jezik
• Naslov: Comparison of spore-forming bacteria from the intestinal microbiota of cohabiting family members

Izvleček

The composition of gut microbiota varies between individuals. Recently, researchers are focusing on the studies of spore-forming bacteria from the human gut microbiota and their role in host to host transmission. In such studies, the main problem is the identification of spore-forming bacteria from the gut microbiota. Studies on the human gut microbiota are usually based on metagenic sequencing. Despite its many advantages this method also has limitations as not all microorganisms are equally well detected. In order to reduce these limitations the culturomics has been developing. The aim of our master thesis was to isolate and identify spore-forming bacteria from fecal samples and to compare them between cohabiting family members. Stool samples from four healthy individuals were used. Stool samples were treated with alcohol and inoculated on different solid media. Stool samples had also been cultivated in liquid media and then inoculated on different solid media. To identify spore-forming bacteria from human gut microbiota molecular and culture methods were used. MALDI TOF MS and 16S rRNA gene sequencing were used to identify pure cultures, and the whole bacterial community was analyzed by 16S rRNA metagenomic sequencing. We found that cultivation of faecal suspension in liquid media did not increase the number of identified bacteria from human gut microbiota. Analysis of the pure cultures showed that some bacterial species were present in all family members. Moreover, some ZOTU of the spore-forming strains were present in all family members.

• Ključne besede: gut microbiota, spore-forming bacteria, fecal samples, cultivation, metagenomics, cohabiting family members